Q30與Phred值

Q30
表示一個堿基的質(zhì)量值，也表示該堿基錯誤率百分比。Q30指堿基質(zhì)量值為30，錯誤率為0.1%，正確率為99.99%。同理Q40表示錯誤率為0.01%，正確率為99.999%。

二代測序中，每測一個堿基會給出一個相應(yīng)的質(zhì)量值，這個質(zhì)量值是衡量測序準(zhǔn)確度的。堿基的質(zhì)量值13，錯誤率為5%，20的錯誤率為1%，30的錯誤率為0.1%。行業(yè)中Q20與Q30則表示質(zhì)量值≧20或30的堿基所占百分比。例如一共測了1G的數(shù)據(jù)量，其中有0.9G的堿基質(zhì)量值大于或等于20，那么Q20則為90%。

首先，堿基質(zhì)量值是衡量測序質(zhì)量的重要指標(biāo)，質(zhì)量值（Q）越高代表堿基被測錯的概率（P）越小，其計算公式為Q=-10lgP。

Illumina官方一般以Q30作為評價標(biāo)準(zhǔn)，以目前最常用的HiSeq 2000平臺2×100PE測序為例，Illumina官方保證大于80%堿基準(zhǔn)確度達(dá)Q30。

Phred
每個堿基測序錯誤率是通過測序堿基質(zhì)量值（Phred score，Qphred）通過公式轉(zhuǎn)化得到，

Q20：原始數(shù)據(jù)中Phred數(shù)值大于20的堿基數(shù)量占總堿基數(shù)量的百分比。

Q30：原始數(shù)據(jù)中Phred數(shù)值大于30的堿基數(shù)量占總堿基數(shù)量的百分比。

參考1：測序中Q20 Q30 Q40
參考2：重磅干貨：轉(zhuǎn)錄組測序常見問題